Viele Pflanzen- und Tierarten sind vom Aussterben bedroht. Der Wald als eine der naturnächsten Nutzungsformen beherbergt eine große Zahl solcher Arten. Die Waldpflege orientiert sich an den Lebensraum-Ansprüchen dieser Arten. Viele Maßnahmen wie der naturnahe Waldbau, der Prozessschutz, Biotop-, Artenschutz- und Totholzanreicherung, die Anpflanzung von natürlichen  Waldrändern etc. werden heutzutage automatisch vom Förster eingeplant. Diese Maßnahmen gewährleisten günstige Wuchs- und Lebensbedingungen. Ein kleinräumig wechselndes Mosaik aus möglichst vielen einheimischen Baumarten in unterschiedlichstem Alter schafft ein vielfältiges ökologisches Umfeld. Das Forstamt Boppard beherbergt eine Vielzahl von schützenswerten Biotopen und Arten. Es ist  Teil des "hot spot (Nr. 12) der biologischen Vielfalt Mittelrheintal mit den Seitentälern Nahe und Mosel".

Höchsten formalen Schutzstatus genießen die Naturschutzgebiete. Zu den größten in Rheinland-Pfalz zählt die Struth (871 ha) zwischen den Gemeinden Wiebelsheim und Perscheid. Wegen vieler Quellen in ebener und gering geneigter Hanglage ist das Gebiet sumpfig. Die Struth entwässert zum Guldenbach in die Nahe. Laub-/Nadelwälder wechseln sich mit großflächigen Wiesen ab. Sumpfdotterblumen, Pfeifengras-Mähwiesen sowie Borstgrasrasen, Zwergstrauchheiden und feuchte Hochstaudenfluren beleben die Landschaft. Auf Standorten mit hohem Grundwasserstand haben sich Großseggenwiesen und Kleinseggenriede herausgebildet, langfristig werden sich hier Schwarzerlen und Karpatenbirken ansamen. Wahrscheinlich lebt in den Wiesen der Struth eine große Population des gefährdeten Sumpfgrashüpfers. Seltene Vogelarten wie Schwarzstorch und Waldschnepfe kommen vor, ebenso die Wildkatze.
Die Pflege- und Entwicklungsplanung konnte 23 Pflanzen- und 37 Tierarten der Roten Liste nachweisen. Prioritäre Lebensraumtypen für das Europaweite Schutzgebietssystem NATURA 2000 sind der artenreiche, submontane Borstgrasrasen und Moorwälder.

In dem 170 ha großen Naturschutzgebiet Morgenbachtal finden sich naturnahe Schlucht- und Auenwälder. Auch Trockenhangwald, Hangschutt- und Verjüngungs sowie Quellen stellen schutzwürdige Lebensstätten zahlreicher wildwachsender Pflanzen und wildlebender Tierarten dar. Sie sind die Heimat von seltenen Arten wie Wasseramsel, Eisvogel, Gebirgsstelze, Haselhuhn, Wanderfalke und Wildkatze.
Das Morgenbachtal ist eines der schönsten Rheinseitentäler mit urwüchsigem Baumbestand, großen Felsregionen und einem natürlichen Bachlauf. 

Das Naturschutzgebiet Wiesen am Hirtenborn ist 250 ha groß. Schutzzweck ist die Erhaltung von naturnahem Offenland (Wiesen), die Pflege und Entwicklung naturnaher Bruchwaldbestände (ein andauernd nasser und sumpfiger Wald), Quell- und Niedermoorbereiche und naturnahe Wälder als Lebensräume typischer, seltener und gefährdeter Pflanzen und Tiere.