Stickstoffverbindungen werden als Stickoxide vor allem bei der Verbrennung mit hoher Temperatur, zum Beispiel in Kraftfahrzeugen und als Ammoniak/ Ammonium in der Landwirtschaft (zum Beispiel Massentierhaltung, Gülleausbringung) freigesetzt. Sie schädigen den Wald in mehrfacher Hinsicht. In Wasser gelöst entsteht aus Stickoxiden Salpetersäure. Sie ist wesentlich am Säureeintrag in den Wald beteiligt. Darüber hinaus sind Stickoxide die wichtigsten Vorläufersubstanzen des bodennahen Ozons.
Stickstoffverbindungen düngen aber auch den Wald. Die Wälder bekommen drei- bis viermal soviel Stickstoff, wie sie eigentlich bräuchten. Gleichzeitig fehlen andere Nährstoffe, vor allem Magnesium, das vom sauren Regen aus den Böden ausgewaschen wird. Die unausgewogene Ernährung schwächt die Widerstandskraft der Bäume gegen natürliche Ereignisse wie Frost, Sturm, Insekten oder Pilzbefall. Die Überdüngung durch Stickstoffverbindungen verändert auch das Artenspektrum. Gras, Brennnesseln oder Holunder breiten sich aus und behindern junge Bäume in ihrer Entwicklung.
Im Gegensatz zum Schwefeldioxid konnte der Ausstoß der Stickstoffverbindungen bislang noch nicht wesentlich verringert werden. So liegen sowohl die Stickoxidkonzentration in der Luft als auch die Nitrat- und Ammoniumeinträge in den Waldboden derzeit nur wenig niedriger als vor zehn Jahren.